La luz desviada por las partículas es captada por lentes posicionados para tal fin. Luego, la información es trasmitida a detectores que producirán señales electrónicas proporcionales a la señal óptica recibida.Las características que pueden ser medidas incluyen: tamaño y granularidad relativa (que es una medida de la complejidad interna). Además los citómetros tienen detectores de fluorescencia de distintas longitudes de onda, lo que permite medir también intensidad de fluorescencia emitida por cada partícula. Esta característica nos hablará de distintas propiedad de la partícula en función de qué anticuerpos conjugados a flurocromos se hayan empleado en la marcación.En algunos casos, cuando el aparato tiene sistema de separación de partículas (cell sorting), el sistema electrónico identifica cuáles de las células o partículas guardar y cuáles desechar.