Mediante este método podemos identificar cuál o cuáles de las moléculas componentes de una mezcla son reconocidas por un anticuerpo. La posibilidad de separar los componentes biológicos de una muestra por peso molecular, sumado al reconocimiento con anticuerpos, potencia la caracterización del antígeno. Recuerden que los antígenos evaluados con esta metodología, si utilizamos como método de separación previo el SDS-PAGE, se encuentran desnaturalizados (por acción del beta-mercaptoetanol y del SDS sobre la muestra), por lo tanto estamos identificando antígenos de tipo secuenciales y no conformacionales.
También podemos evaluar la monoespecificidad de un anticuerpo como en el caso de los anticuerpos monoclonales para lo cual se realiza el PAGE de un antígeno complejo y la transferencia a una membrana. Cuando se hace interaccionar el anticuerpo monoclonal con la membrana, se espera que este reconozca un único componente del antígeno.